作为游戏的核心人物，指挥官会利用独特的战术和技能管控舰船。
指挥官具有以下属性：
- 战术：降低舰队伤害。
- 攻击：影响造成的伤害。
- 数据传输速率：决定战斗的行动顺序。
- 中队容量：确定指挥官可管控的最大舰船数量。
指挥官晋升后才能提升技能和能力。晋升要用到指挥官资料，可在应征时获取。每次晋升都会增加指挥官的属性点。
你可以通过升级特定设施，增加提升指挥官的天赋：
- 冲击型增效剂工厂：增强指挥官的战斗攻击力。
- 宁静型增效剂工厂：提升指挥官的作战战术。
- 敏锐型增效剂工厂：提高指挥官的作战数据传输速率。
- 控制塔工厂：增加指挥官率领的中队容量。
你也可以使用植入体来提升指挥官的属性。选择的植入体越优质，可进化的次数就越多。植入体每次进化都能提供更多属性加成。
你可以使用数据加密密钥、副本文件和蓝图等相关材料，解锁指挥官的新天赋。这些天赋需使用天赋点升级，指挥官升级或晋升后可获取相应点数。请注意，指挥官达到45级后，就只能通过与其他玩家对战来获取经验。