司令官は複数の艦船を、独自の戦術とスキルで指揮する本作の中心となるキャラクターたちです。
司令官は以下の資質を備えています：
- 戦術：フリートの被ダメージを減らします。
- 攻撃：与ダメージに影響を与えます。
- データレート：戦闘中の一連の行動に影響します
- スクアッド数上限：司令官が指揮できる艦船の最大数を決定します。
司令官のスキルと能力を成長させるには、昇進させる必要があります。昇進には、リクルートで入手できる司令ファイルが必要です。司令官は昇進するたびに資質ポイントを獲得できます。
また以下のような特定施設をアップグレードすることで、司令官の資質を強化できます：
- インパクトブースター工場：戦闘時における、司令官の攻撃能力を向上させます。
- トランキルブースター工場：戦闘時における、司令官の戦術能力を向上させます。
- シャープマインドブースター工場：戦闘時における、司令官のデータレートを向上させます。
- コントロールタワー工場：司令官のスクアッド数上限を向上させます。
インプラントを使うことでも司令官の資質を強化できます。高級なインプラントほど、バージョンアップできる回数が増えます。バージョンアップするたびに、インプラントで得られる資質ボーナスが増加します。
データ暗号化キーや複製ファイル、設計図などといった関連アイテムを使えば、司令官のあらたな資質をアンロックできます。こういった資質をアップグレードするには、司令官のレベルアップや昇進で得られる資質ポイントを使用します。レベル45以降は、他のプレイヤーとの戦闘でしか経験値を得られない点に注意しましょう。